春回大地，更逢慢羊羊村长100周年庆典。慢羊羊的坐骑老蜗牛却突然病倒，经过检查，村长感到如临大敌，打算潜入蜗牛身上消灭引起这个病变的病毒。小羊们觉得危险，要代替村长前往蜗牛的身体上消灭病毒。没想到灰太狼偷听到，也要进入蜗牛体内捉小羊。
喜羊羊、沸羊羊、懒洋洋和美羊羊到了蜗牛的两只触角上。喜羊羊和美羊羊还没搞清楚这是个什么地方，就被白菌(白牛)士兵强行征召入伍当兵。而且不须新兵训练，直接就拉上战火连天的前线。
在军营内得知，这是个位于蜗牛触角上的细菌国度——白牛国。最近这个蜗牛世界不再平静，终日发生地震。国王断定一定是处在另一只触角上的黑菌（黑牛）王国——黑牛国搞的鬼，为了消灭邪恶的黑牛国，制止这场细菌感染，白牛国征集了全国兵力，发动了战争。既然大家的目的一致，喜羊羊参加到了白牛国的军队，一同和黑牛国的细菌作战。
两国在国境线上摆开战场，喜羊羊发现黑牛国竟然是灰太狼领军,更造出新式武器坦克和飞机，白牛国全军溃败，还被重重包围。
喜羊羊携带而来的通讯器一直没有信号，为了和村长取得联络，喜羊羊要经过危险禁地——漩涡黑森林，这里菌迹罕至，一旦进入九死一生。但喜羊羊还是毅然出发，经过长途跋涉，在即将到达森林出口的时候，不幸遇上了神秘的细菌蛮族（黄牛），虽然喜羊羊逃脱出来，可是通讯器却落入了蛮族手中。灰太狼更成为他们的军师，造出许多控制细菌的控制器，一举消灭黑牛和白牛两个细菌王国，事成之后，那两国细菌是蛮族的粮食，而小羊则由灰太狼享用。
浩浩荡荡的蛮族细菌大军将他们两国包围得水泄不通，并扬言要将两国细菌都作为他们的食粮。两个国王都万万想不到，一向温顺、与世无争的蛮族细菌竟然就是引致这个世界病变的真正根源！
正当灰太狼得意之时，没想到自己也给黄牛蛮族细菌大王吃掉。喜羊羊为救众人，与黄牛开展生死大战，最后更牺牲救回小灰灰，令灰太狼答应以后再不吃一根羊毛。
最后，蜗牛终于回复了健康，小羊们和灰太狼夫妇也回到了草原上，但灰太狼却在庆功会上发难，并表示自己并没有违背誓约——一根羊毛也不吃，那可是剥了皮再吃！不料喜羊羊却早有准备，反制住了灰太狼。其他小羊愤怒地要把灰太狼消灭时，喜羊羊倒把他们放走——因为，世间万物自有他存在的道理，不能轻言消灭——青青草原上，羊和狼的欢乐还将永远继续！
喜羊羊
机智、勇敢、乐观，永远带着微笑，也是族群里跑得最快的羊，每次都识破灰太狼的阴谋诡计、拯救了羊羊族群的生命，是羊氏部落的小英雄。
美羊羊
爱美、爱打扮、心灵手巧，能用任何东西编织出能用来打扮的饰物。还是营养学家、美容师、模特儿、服装师......一切与“美”有关的，她都非常精通。在羊村里最受羊仔们欢迎，是大家跟风学习模仿的对象。
懒羊羊
青青草原上最聪明的一只小肥羊，因为比别人聪明，干活、读书都比别的羊快，所以有很多时间可以用来睡觉。他不爱运动，只是聪明机智，而且临危不乱，总是一派大智若愚、举重若轻的感觉。
沸羊羊
最健壮的羊，也是最鲁莽的一只羊，最喜欢的事是健身。迷恋美羊羊。无论对什么羊都是看不顺眼，经常是板着脸孔，一副很酷的样子，对所有事情总是持反对意见。以为自己英伟不凡，天下无敌，其实什么都无能为力。
慢羊羊
羊部落中最年长的长者，博览群书，平时最爱搞搞小发明小创造，是个乌龙发明家。发明时往往害得自己吃尽苦头，但危急是发明的东西又能派上用场，但是因为年纪老，每个行地动都慢吞吞，把身旁的羊急死。
暖羊羊
羊学校新来的转学生，个性温驯、友善、有一副菩萨心肠，认为世上没有坏人，所以从不随
便伤害任何人，包括一草一木，甚至是灰太狼。可是她力大无穷，难以控制，往往只是轻轻拍拍肩膀，便可将对方拍扁。越想表示友好，越容易伤害旁人-----令她十分苦恼。
软绵绵
500年前羊族的第一任族长，带领羊群在青青草原建起了羊村
灰太狼
灰太狼是雄性大灰狼，住在草原边上的树林，是一个奸诈但又愚蠢的笨坏蛋，平时在家爱钻研办法，练习偷鸡摸狗的技巧，一有机会就去骚扰羊部落，永远想偷羊吃，永远被喜羊羊识破打败，怕老婆，经常是老婆出口，他出手，事情没办好，就要受狼老婆的处罚。
小灰灰
小灰灰样子十分温驯、可爱天真。是灰太狼和红太狼的儿子，它可不像灰太狼和红太狼一心想吃羊肉，有时候总捣乱说错话，但是深受大家的喜欢
红太狼
红太狼是灰太狼的老婆，一只好吃懒做、凶悍无比的母狼，贪婪、虚荣、忌妒、邪恶、狠毒，虽然长得很不怎么样，却是身材妖冶，还自己打扮得豪华高贵，总认为自己是天下最美的女人，所以对于任何美的东西，她都要想方设法毁掉。
澎恰恰
咚咚锵的哥哥，黄牛国国王。
阴险，邪恶，好战，有心计，睚眦必报，因为小时候受尽歧视，所以当他成为首领时，更变本加厉的报复大家，要统治整个蜗牛世界，最不能忍受别人叫他“野种”。但后来恢复善良，重新做人。
咚咚锵
澎恰恰的弟弟，原先是白牛国士兵，因巧合与喜羊羊成为好朋友。
给人感觉浑浑噩噩毫无人生目标，胆小怕事，但内心善良，爱耍小聪明逃避问题，人生最大的目标就是找回自己的父母。最不能忍受别人叫他“野种”，但又不敢反抗。
白牛大王
头脑简单的武力崇尚者，有勇无谋，凡事喜欢硬来，暴躁，固执，不讲道理，一意孤行，做事冲动，想到什么就会立即去做，常常会不切实际的定下超前目标，然后不惜一切代价的去完成它，他的这一性格常常导致他做事本末倒置。他还拥有一个良好的作风，就是今天的事一定要今天完成。
黑牛大王
性格阴险狡猾，野心勃勃，喜欢利用别人，口头禅是“明天怎样怎样”。然而到了第二天就将许诺过的话忘得一干二净。非常容易承诺别人，也非常容易忘记自己的承诺，一旦被别人追问时还会矢口抵赖，相当没有信用可言。
指导：朱春香