亲子鉴定0.9999是亲生的。亲子鉴定是运用生物学、遗传学以及有关学科的理论和技术来判断父母与子女之间是否是亲生关系的鉴定，一般是采用血型测试、DNA验证等方法。

　　 根据遗传学，子女的基因组DNA一半源于亲生父亲，一半来源于亲生母亲。

　　 亲子鉴定可以用于办理移民、子女户口登记、怀疑婴儿被调换、确认拐卖的儿童等方面。

　　 古代对于亲子鉴定使用的方法是：外貌对比法、滴骨验亲法、滴血验亲法。