《木府风云》聚焦明代丽江土司家族的风云变化，不仅展现了迷人的丽江风光，魅力习俗，更通过木府内外的正邪较量，讴歌了纳西人民开放亲和，勇敢无畏的民族精神，表达出爱好和平，拥护中央政府，维护国家统一的思想。同时评论还高度肯定了女主角阿勒邱的正义斗争，称“当平静的生活被黑暗势力打破，当民族尊严被复仇力量践踏，阿勒秋等人的斗争就不再是狭义的家族斗争，而是为地区和谐、民族和谐、国家和谐进行的‘和谐保卫战’。”

这是一部关于血与火、爱与恨、光明和黑暗、正义与邪恶的民族传奇。内部的家族纠葛和外部的蓄谋毁灭同步交织，增强了全剧故事精彩度，引人入胜。文章表示：“尽管也有争斗，但并非宫斗剧的那种尔虞我诈，算计猜疑，而是走出狭隘的人性阴暗面，上升到了民族史诗高度——保卫民族尊严，为和平而战。”

基于阿勒邱从“复仇木府”到“保卫木府”的人性转变，文章认为：“平心而论，人性中的善恶博弈每时每刻都在上演。再联系当下社会的一些浮躁现象，或许我们每一个人都能在《木府风云》中对号入座，进而找到自己‘何去何从’的人生方向标。”同时，通过剧中西和为代表的狭隘势力的恶果报应，文章也指出，除了自省实现自我和谐，（电视剧评论）人与人之间同样需要和谐共处。如何实现人际和谐？关键在于求同存异，坚持正确价值观，反之则害人害已。“对于人与人客观存在的差异性，我们需要包容，并建立共同的价值观：兄弟齐心，家庭才会和谐。家庭和谐了，社会自然也就和谐了。和谐万事兴，内忧外患也就迎刃而解。”文章说。

作为一部洋溢浓郁民族风情的民族题材剧，《木府风云》充满了民族和谐的基调，这一主题思想对当今如何化解仇恨、消除矛盾，拥护全民族大团结，具有一定的现实意义。